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Électrophorèse capillaire

  • Séquenceur 24 capillaires ABI3500XL.

 

  • Poste d’analyse avec les logiciels GeneMapper 5, Seqscape 3.

 

 

 

GenSeq réalise les électrophorèses capillaires d’échantillons préparés par les utilisateurs dans leurs propres laboratoires.

Pour l’analyse de fragments tels que les microsatellites deux matrices ont été installées, elles correspondent aux combinaisons de fluorochromes suivantes :

Dye Set Filter Blue Green Yellow Red Orange
DS-30 D 6-FAMTM HEXTM NEDTM ROXTM
DS-33 G5 6-FAMTM VIC® NEDTM PET® LIZ®
electrophorégramme avec des pics d'allèles et des pics orange pour le marqueur de taille

Profil de plusieurs microsatellites avec le marqueur de taille LIZ en orange.

L’analyse des séquences est calibrée pour du BigDye version 3.

Electrophorégramme avec un enchaînement de pics colorés représentant la succession de bases nucléotidiques.

Profil d’une séquence

Le passage des échantillons est géré sur la base d’un planning hebdomadaire établi en fonction des demandes d’analyses.

Demandes d’analyses par messagerie à faire parvenir le vendredi pour passage la semaine suivante.

Genseq propose également la réalisation de réactions de séquençage classique (protocole Sanger) suivi d’électrophorèse capillaire. Ce service fait l’objet de demandes particulières et nécessite de compléter le formulaire « Demande-Service-Sequencage » communiqué après réception de la fiche d’accueil de projet.